| Encefalite herpética (HSV-1) | Febre, confusão, crises; LCR linfocitário. | Lesão temporal na RM, PCR para HSV no LCR. Tratável: aciclovir até excluir. |
| Meningite bacteriana | Febre, cefaleia, rigidez de nuca. | LCR com neutrofilia, glicose baixa, lactato alto; Gram e cultura. |
| Dengue com manifestação neurológica | Mesma época, febre, cefaleia; IgM cruzada. | Plaquetopenia, hemoconcentração, NS1/PCR; PRNT. |
| Febre do Nilo Ocidental | Mesmo vetor (Culex) e quadro quase idêntico, inclusive paralisia flácida. | PRNT; casos humanos descritos no Piauí e em outros estados. |
| Zika e chikungunya | Meningoencefalite, mielite, Guillain-Barré. | Exantema, artralgia intensa; PCR e sorologia específicas. |
| Rocio e Ilhéus | Flavivírus brasileiros com encefalite (Rocio: Vale do Ribeira, SP). | Epidemiologia e PRNT. |
| Febre amarela | Flavivírus; vacina gera IgM e reação cruzada. | Icterícia e hemorragia na doença; histórico vacinal recente. |
| Oropouche e encefalites equinas | Arboviroses com febre e, raramente, meningoencefalite. | Painel da rede de referência. |
| Enterovírus | Meningite asséptica no verão. | PCR para enterovírus no LCR. |
| Febre maculosa, leptospirose | Febre grave com cefaleia e confusão. | Exantema, exposição a carrapato ou enchente; trate empiricamente se suspeita. |
| Encefalite autoimune, tuberculose, criptococose | Encefalopatia subaguda com LCR inflamatório. | Curso mais longo; anticorpos antineuronais, ADA, tinta da China/antígeno. |